Kostel sv. Jana Nepomuckého byl založen v roce 1845. Protože stavba rychle rostla, mohlo již 2. září 1846 dojít k zavěšení zvonů přenesených ze zámecké kaple a následujícího dne k prvnímu zvonění. Svěcení provedl za velké slávy 16. května 1847 kardinál Bedřich ze Schwarzenbergu. Kostel byl zasvěcen sv. Janu Nepomuckému, patronu schwarzenberského rodu, a 16. května se od té doby každoročně slaví v Hluboké nad Vltavou svatojánská pouť.