Kostel má stejné zasvěcení jako slavný chrám sv. Marka v Benátkách, protože Litovel se pro své umístění nazývá "Hanáckými Benátkami" - rozkládá se na 6-ti ramenech řeky Moravy.
Přesné datum vzniku není známo, ale pravděpodobně to bylo až ve 14. století, kdy již bylo město obehnáno hradbami. V letech 1529-1532 byla provedena renesanční přestavba kostela a při další velké opravě koncem 17. stol. došlo k rozšíření stavby do současné podoby. Poslední stavební úpravou byla roku 1855 změna tvaru věže z kopulovitého na jehlancový.
Nyní je kostel sv. Marka svatostánkem římskokatolické církve.