V oblasti přírodního parku Česká Kanada bylo vyhlášeno několik chráněných území. Je možné se zde volně pohybovat, je však zakázáno vstupovat do pobřežních porostů rybníků a močálů a na mokré louky, kde by mohlo docházet k ničení vegetace a k rušení hnízdících ptáků či dalších živočichů. Zakázán je také odchyt či sběr všech chráněných druhů.
Národní přírodní památka Kaproun - přechodové luční rašeliniště
Přírodní rezervace Hadí vrch - zachovalé jalovcové porosty s acidofilním bylinným a keříčkovým patrem na balvanité suti
Přírodní rezervace Krvavý a Kačležský rybník - rybníky s rákosinami, rašelinnými a vlhkými loukami. Jedná se o ornitologicky velmi významné lokality a vyskytuje se zde i řada zvlášť chráněných mokřadních druhů rostlin.
Přírodní rezervace Skalák u Senotína - zachovalé fragmenty luk svazů Calthion, Molinion, Violion caninae a mezotrofní rybník s vysokou diverzitou rostlin i živočichů.
Přírodní památka Jalovce u Kunžaku - kompaktní jalovcové porosty jako doklad extenzivního využívání kamenitých pastvin
Přírodní památka Jalovce u Valtínova - kompaktní jalovcové porosty s typickým bylinným a keříčkovým patrem
Přírodní památka Dědek u Slavonic - mezotrofní vrchovinný rybník s botanicky cenným pobřežím a vysokou druhovou pestrostí planktonu a dalších vodních organismů
Přírodní památka Rašeliniště Klenová - lužní rašeliniště s řadou významných rostlinných druhů
Přírodní památka Velký Troubný (rákosní) rybník - mezotrofní rybník s vysokou druhovou pestrostí vodních organismů a živočichů