Rozloha NP Podyjí je 63 km2 s ochranným pásmem 29 km2, řadí se tak k nějmenším NP České republiky. Chráněná oblast NP je situována mezi Znojmem a Vranovem nad Dyjí při státní hranici se sousedním Rakouskem, je vyhlášena podél 40 km toku Dyje. Národní park byl vyhlášen ke dni 1.července 1991, k 1.1.2000 byl vyhlášen Národní park Thayatal i na pravém rakouském břehu Dyje, čímž vzniklo jedinečné bilaterární území evropského významu.
Členité území Podyjí je součástí pahorkatiny jihovýchodního okraje Českomoravské vrchoviny, pouze východní okraj zasahuje do Dyjsko-svrateckého úvalu. Národní park reprezentuje výjimečně zachovalou ukázku krajiny říčního údolí v pahorkatinném stupni střední Evropy. Kaňon Dyje vytváří unikátní říční fenomén s četnými meandry, hluboce zaříznutými údolími bočních přítoků, nejrůznějšími skalními tvary, kamennými moři a skalními stěnami. Území NP je rozděleno do 3 zón se zvláštním ochranným režimem.
Přírodní zajímavosti na území NP:
Braitava - Pralesovité lesní porosty s převažujícím bukem, lokalita s typickým výskytem skalních měst. Území je pro veřejnost nepřístupné.
Býčí hora - Nejvyšší bod NP Podyjí ležící na hranici s Rakouskem na Braitavě - 536 m.n.m.
Býčí skála - Kolmá žulová stěna nacházející se na začátku vzdutí Znojemské přehrady pod vyhlídkou Sealsfieldův kámen.
Čížovský rybník -
Lokalita výskytu vzácných druhů (ostřice česká, skokan ostronosý). Využívaný jako přírodní koupaliště.
Dyje -
Její severní větev zvaná Moravská Dyje (délka 60,5 km) pramení východně od Třeště, protéká Dačickou kotlinou a u Slavonic opouští naše území. U Raabsu v Rakousku se spojuje s vodnatější Rakouskou Dyjí. Na území ČR opět přitéká jižně od Uherčic. U Podhradí nad Dyjí začíná vzdutí Vranovské přehrady. Mezi Vranovem a Znojmem protéká v délce 42 km hlubokým údolím. Toto území bylo vyhlášeno za Národní park Podyjí. Nad Znojmem byla vybudována údolní nádrž. Pod městem protéká rovinami Dyjsko-svrateckého úvalu. Severovýchodně od Pavlovských kopců její vody napájí vodohospodářské dílo Nové mlýny a pod městem Břeclav se vlévá do řeky Moravy. Délka toku celé Dyje je 287 km. Při vtoku na naše území má průměrný roční průtok 9,21 m3 . s-1, při ústí do Moravy 43,72 m3 . s-1. Plocha povodí Dyje je 13.426 km2. Spolu se svými přítoky odvodňuje jv. část Českomoravské vrchoviny, Dyjsko-svratecký úval a část Dolnomoravského úvalu.
Hamerské vrásy -
Skupina několika mohutných skalních stěn s pozoruhodným vrásněním bítešské ortoruly. Její stáří je nejspíše předprvohorní - bylo určeno na 795 mil. let.
Havranické vřesoviště -
V Evropě unikátní typ vřesovišť rostoucích na suchém a teplém stanovišti.
Hradišťské terasy -
Zbytky středověkých kamenných teras nad vzdutím Znojemské přehrady. Dnes jsou zde patrné zpustlé sady a zahrady s výskytem starých, dnes již vzácných odrůd i druhů ovoce. Roste zde např. mišpule německá a fíkovník smokvoň.
Kraví hora -
Pahorek nad Znojmem se vzácnou vřesovištní flórou a faunou (viz Havranické vřesoviště). Území je součástí širokého pruhu vřesovišť mezi Znojmem a Retzem v Rakousku.
Ledové sluje -
Suťový svah s množstvím podzemních prostor vzniklých skalním řícením ortoruly. Svah včetně podzemních prostor je veřejnosti nepřístupný z důvodů ochrany přírody i z důvodů bezpečnostních, neboť skalní bloky jsou dosud v pohybu.
Nový Hrádek -
Nový Hrádek dokladuje vzájemné prolínání zájmů památkové péče s ochranou přírody, výskyt vzázných ohrožených rostlin.
Opuštěný meandr u Ledových slují -
Sealsfieldův kámen -
výskyt vzácných druhů, zajímavý výhled.
Suťová pole (kamenná moře) -
vyvinuta především na pravém břehu Dyje pod Papírnou - žlutá turistická trasa od Papírny na Sealsfieldův kámen.
Šobes - Lokalita byla osídlena již ve starší době kamenné. Pravěké hradiště zde bylo v době bronzové, osídlení i v čase Keltů a v době římské. Již ve středověku byla lokalita využívána k pěstování vinné révy. Dnes se zde vinná réva pěstuje na ploše asi 11 ha. Lokalita je řazena mezi deset nejlepších vinařských poloh v Evropě. Po hřbetu vede tzv. Římská cesta - stará obchodní cesta spojující již od raného středověku české země a Rakousko.